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<string language="fre"><![CDATA[Dans cette cinquième et dernière partie de notre cours sur le génome et les algorithmes, qui se veut une introduction à l'analyse informatique de l'information génétique, nous regarderons de plus près la notion d'arbre phylogénétique. Plus précisément, nous verrons ce qu'est un arbre phylogénétique, le problème de sa reconstruction, étudierons un premier algorithme simple de reconstruction d'arbre phylogénétique, en verrons les limites. Puis, nous conclurons ce cours par un aperçu plus large des algorithmes bio informatiques, nous verrons que de très nombreux algorithmes bio informatiques existent, dont le cours ici ne laisse pas soupçonner l'existence, et nous conclurons sur les domaines d'application de la bio informatique en particulier en microbiologie. 
Pour le moment donc les arbres phylogénétiques. Cette notion en fait est connectée, comme vous l'aurez sans doute compris, à la théorie de l'évolution telle que posée par Darwin qui avait compris que les espèces n'étaient pas fixes mais évoluaient et qu'une espèce évoluait en d'autres espèces, les espèces apparaissaient à partir d'espèces existantes, et il avait tracé sur ses carnets cet arbre qui est effectivement ce qu'on pourrait appeler un arbre phylogénétique. Cet arbre des espèces, comment faut-il le voir ? En fait c'est un arbre au sens de composés de nœuds qui sont les espèces et ici les 2 nœuds qui sont ici signifient que ces 2 espèces-là sont des espèces qui sont apparues par l'évolution de cette espèce ancestrale ici. Le temps figure ici dans ce sens-là, la flèche du temps, et l'événement qui d'une espèce fait apparaître 2 espèces, c'est l'événement dit de spéciation...]]></string></description>
<keyword><string language="fre"><![CDATA[génomique]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[algorithmique]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[bioinformatique]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[biologie cellulaire et moléculaire]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[modélisation]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[arbre phylogénétique]]></string></keyword>
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FN:Francois RECHENMANN
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NOTE: Ingénieur et Docteur-Ingénieur en informatique, François Rechenmann est chercheur au centre Inria Grenoble – Rhône-Alpes. Il y exerce ses activités à l’interface de l’informatique et des sciences du vivant en contribuant plus particulièrement au développement de méthodes et de logiciels pour l’analyse des séquences génomiques des microorganismes. Cofondateur de la société Genostar, qui propose des solutions bioinformatiques aux industries pharmaceutiques, agroalimentaires et biotechnologiques, il en est le conseiller scientifique. Très impliqué dans les actions de médiation scientifique, François Rechenmann est le responsable scientifique du site Interstices dont l’objectif est d’expliquer l’informatique en tant que domaine de recherche. 
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FN:Thierry PARMENTELAT
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NOTE:Thierry Parmentelat a mené une carrière hybride entre les mondes académique et industriel. Ses centres d'intérêt couvrent les langages de programmation, les réseaux, et l'algèbre. Actuellement ingénieur de recherche chez Inria, Thierry Parmentelat utilise Python depuis plus de 10 ans pour ses travaux de recherche, ainsi que pour le développement des plateformes expérimentales dont il a la charge. 
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Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.]]></string>
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