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<title><string language="fre"><![CDATA[5.5. Quand les différences sont trompeuses]]></string></title>
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<string language="fre"><![CDATA[Il y a plusieurs raisons pour lesquelles la méthode UPGMA, que nous venons de voir, se révèle simpliste. L'une des raisons par exemple, c'est pourquoi quand on recalcule les distances, quand on a groupé deux espèces et construit un nouveau noeud, pourquoi recalcule-t-on les distances sur la base d'une moyenne ? Difficile à justifier d'un point de vue biologique, mais la méthode est simple. Mais peut-être que la critique la plus forte provient du fait que nous nous appuyons sur des distances qui sont calculées sur les séquences, et nous allons voir que ce calcul-là tend à sous-estimer le nombre de mutations qui a eu effectivement lieu ou qui a pu effectivement avoir lieu. Je m'explique. Le cas le plus simple est le suivant. Nous avons deux séquences, séquence 1, séquence 2. Et un événement de substitution se produit ici dans la séquence 2. Le nombre de substitutions mutations observées est 1 et le nombre de substitutions réelles est 1. C'est ce cas-ci, voilà. Mutation. Très bien. 
Maintenant, un exemple où le nombre de substitutions observées est plus bas que le nombre de substitutions réelles. Dans la séquence 1, on a toujours ce A, et dans la séquence 2, nous avons une série de 2 mutations, A en C, C en T. Or, nous, à travers la séquence qu'on observe, la seule chose qu'on voit, c'est A et T. Donc on a tendance à considérer qu'il y a eu une substitution alors qu'il s'en est produit deux. Regardons. 1, 2. Or, nous ne voyons pas celle intermédiaire...]]></string></description>
<keyword><string language="fre"><![CDATA[génomique]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[algorithmique]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[bioinformatique]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[biologie cellulaire et moléculaire]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[modélisation]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[arbre phylogénétique]]></string></keyword>
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FN:Francois RECHENMANN
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NOTE: Ingénieur et Docteur-Ingénieur en informatique, François Rechenmann est chercheur au centre Inria Grenoble – Rhône-Alpes. Il y exerce ses activités à l’interface de l’informatique et des sciences du vivant en contribuant plus particulièrement au développement de méthodes et de logiciels pour l’analyse des séquences génomiques des microorganismes. Cofondateur de la société Genostar, qui propose des solutions bioinformatiques aux industries pharmaceutiques, agroalimentaires et biotechnologiques, il en est le conseiller scientifique. Très impliqué dans les actions de médiation scientifique, François Rechenmann est le responsable scientifique du site Interstices dont l’objectif est d’expliquer l’informatique en tant que domaine de recherche. 
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FN:Thierry PARMENTELAT
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NOTE:Thierry Parmentelat a mené une carrière hybride entre les mondes académique et industriel. Ses centres d'intérêt couvrent les langages de programmation, les réseaux, et l'algèbre. Actuellement ingénieur de recherche chez Inria, Thierry Parmentelat utilise Python depuis plus de 10 ans pour ses travaux de recherche, ainsi que pour le développement des plateformes expérimentales dont il a la charge. 
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Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.]]></string>
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