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<title><string language="fre"><![CDATA[5.2. L’arbre, objet abstrait]]></string></title>
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<string language="fre"><![CDATA[Vous l'aurez compris un arbre phylogénétique est un arbre abstrait qui n'a qu'un lointain rapport métaphorique avec un véritable arbre. L'arbre des bio-informaticiens et des informaticiens se dessinent du reste dans l'autre sens. C'est-à-dire que si on retrouve bien effectivement des branches qui connectent des noeuds, on a un noeud qui est la racine et qui est situé tout en haut et on situe en bas généralement par convention, les feuilles qu'on appelle également noeuds terminaux. Pour décrire un arbre, on peut utiliser une expression parenthésée, dont la logique s'impose assez rapidement. Voilà ici l'expression parenthésée correspondant à cette structure d'arbres. On voit cette sous-expression correspondre à ce sous-arbre. Très logiquement, cette expression correspond à ce sous-arbre. Et donc, cette expression-là correspond au sous-arbre incluant celui-ci, plus le noeud E. Et l'arbre tout entier est de noter par cette expression. Nous avons donc là un moyen non ambigu de noter une topologie, une structure d'arbre. Bien entendu, cette topologie d'arbres ne change pas suivant la manière dont on le dessine. On peut également avoir des expressions parenthésées différentes mais qui sont équivalentes du point de vue descriptif. Cette expression parenthésée est strictement équivalente à celle-ci. Elle décrit la même structure d'arbres. De même, les arbres peuvent prendre plusieurs apparences, suivant le style de dessin utilisé, la topologie reste la même. Cette manière de représenter les arbres est de loin préférée par les biologistes...]]></string></description>
<keyword><string language="fre"><![CDATA[génomique]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[algorithmique]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[bioinformatique]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[biologie cellulaire et moléculaire]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[modélisation]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[arbre phylogénétique]]></string></keyword>
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FN:Francois RECHENMANN
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NOTE: Ingénieur et Docteur-Ingénieur en informatique, François Rechenmann est chercheur au centre Inria Grenoble – Rhône-Alpes. Il y exerce ses activités à l’interface de l’informatique et des sciences du vivant en contribuant plus particulièrement au développement de méthodes et de logiciels pour l’analyse des séquences génomiques des microorganismes. Cofondateur de la société Genostar, qui propose des solutions bioinformatiques aux industries pharmaceutiques, agroalimentaires et biotechnologiques, il en est le conseiller scientifique. Très impliqué dans les actions de médiation scientifique, François Rechenmann est le responsable scientifique du site Interstices dont l’objectif est d’expliquer l’informatique en tant que domaine de recherche. 
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FN:Thierry PARMENTELAT
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NOTE:Thierry Parmentelat a mené une carrière hybride entre les mondes académique et industriel. Ses centres d'intérêt couvrent les langages de programmation, les réseaux, et l'algèbre. Actuellement ingénieur de recherche chez Inria, Thierry Parmentelat utilise Python depuis plus de 10 ans pour ses travaux de recherche, ainsi que pour le développement des plateformes expérimentales dont il a la charge. 
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Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.]]></string>
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