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<title><string language="fre"><![CDATA[2.6. Algorithms + data structures = programs]]></string></title>
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<string language="fre"><![CDATA[By writing the Lookup GeneticCode Function, we completed our translation algorithm. So we may ask the question about the algorithm, does it terminate? Andthe answer is yes, obviously. Is it pertinent, that is, doesit return the expected answer? The answer is yes, if you giveas an input a sequence of DNA, you will get as an output asequence of amino acids unless, of course, one of the tripletsis not one of the 64 expected triplets and then you will get, ofcourse, a nonsense protein sequence. Is it efficient? Well, for measuring the efficiency of an algorithm, you can ask the question, how manybasic operations you have to execute. In that case the critical operationis comparison of letters. In the best case if you are lucky,the algorithm for looking up a triplet needs three comparisons,if you're not lucky, in the worst case, it needs 64 comparisons. These are not high numbers, ofcourse, but you have to remember that you have to execute the Lookup Algorithm for every triplet of the sequence so a sequencemay be very very long so it may be a good idea to ask the question: can we do better? And the answer is yes. For doing better, what we can introduce is a data structure. Here is the data structure inthe left part of this slide.]]></string></description>
<keyword><string language="fre"><![CDATA[DNA]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[Genome]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[algorithm]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[cell]]></string></keyword><keyword><string language="fre"><![CDATA[bioinformatics]]></string></keyword>
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NOTE: Ingénieur et Docteur-Ingénieur en informatique, François Rechenmann est chercheur au centre Inria Grenoble – Rhône-Alpes. Il y exerce ses activités à l’interface de l’informatique et des sciences du vivant en contribuant plus particulièrement au développement de méthodes et de logiciels pour l’analyse des séquences génomiques des microorganismes. Cofondateur de la société Genostar, qui propose des solutions bioinformatiques aux industries pharmaceutiques, agroalimentaires et biotechnologiques, il en est le conseiller scientifique. Très impliqué dans les actions de médiation scientifique, François Rechenmann est le responsable scientifique du site Interstices dont l’objectif est d’expliquer l’informatique en tant que domaine de recherche. 
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Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.]]></string>
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