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Symbiologik : jouez avec les gènes
Description
:
Ce jeu vous propose d’expérimenter trois tâches parmi les plus courantes en bioinformatique : l’assemblage de fragments d’ADN, la recherche de motifs communs à plusieurs protéines, la construction d’arbres phylogénétiques.
Mots clés
:
jeu, ADN, recherche de motifs, arbre phylogénétique, séquençage du génome, fuscia
Date
:
06-12-2005
Droits
:
Ce document est diffusé sous licence Creative Common : Paternité - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification. http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.0/fr/legalcode
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Symbiologik : jouez avec les gènes
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Faire l’inventaire du vivant : informatique et systématique
Description
:
2010 est l’année internationale de la biodiversité, c’est l’occasion de faire le point sur ce thème et ses liens avec l’informatique.
Mots clés
:
biologie systémique, systématique phylogénétique, identification taxonomique, taxon, base de données scientifiques, clique, fuscia
Date
:
12-03-2010
Droits
:
Ce document est diffusé sous licence Creative Common : Paternité - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification. http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.0/fr/legalcode
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Évolution et phylogénie
Description
:
Comprendre l’évolution des organismes vivants reste un enjeu majeur de la biologie. L’étude de la transmission de l’information génétique bénéficie des apports de la théorie de l’information.
Mots clés
:
évolution des organismes vivants, information génétique, mutation, interdisciplinarité, arbre phylogénétique, transfert horizontal, biologie systémique, fuscia
Date
:
18-02-2010
Droits
:
Ce document est diffusé sous licence Creative Common : Paternité - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification. http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.0/fr/legalcode
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Évolution et phylogénie
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Ancêtre commun et cladogramme
Description
:
Problème de la représentation dans un cladogramme : position des ancêtres communs et des innovations évolutives, proximité entre espèces (groupes).
Mots clés
:
ancêtre commun, cladogramme, arbre phylogénétique, phylogenèse, caractère dérivé, autapomorphie, synapomorphie, innovation évolutive, groupe monophylétique, clade, groupe paraphylétique
Date
:
15-07-2002
Droits
:
Voir mentions légales http://planet-terre.ens-lyon.fr/services/mentions-legales
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Ancêtre commun et cladogramme
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Quand la paléontologie revoit ses données
Description
:
Analyses de grandes bases de données de fossiles à l'aide d'outils mathématiques, statistiques et informatiques récents. Deux articles de l'été 2008 conduisent à réviser des conclusions et des idées plus anciennes : ils rappellent ainsi combien les progrès des sciences historiques comme la paléo ...
Mots clés
:
paléontologie, fossile, base de données, paléoclimatologie, classification, biodiversité, paléo-biodiversité, taxon, clade, phylogénétique, Dinosauriens, super-arbre, paléogéographie
Date
:
02-10-2008
Droits
:
Voir mentions légales http://planet-terre.ens-lyon.fr/services/mentions-legales
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Quand la paléontologie revoit ses données
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La notion d'évolution
Description
:
« Rien n'a de sens en biologie si ce n'est à la lumière de l'évolution ». Cet adage célèbre de Th Dobzhansky prend encore plus de valeur quand on se rend compte à quel point la notion d'évolution a été difficile à faire émerger. En effet, au 18ème siècle, de nombreuses idées fausses, comme le créati ...
Mots clés
:
évolution, théorie synthétique de l'évolution, systématique, phylogénétique, cladistique, selection naturelle, Lamarck, darwinisme, Darwin, biologie animale, génétique des populations, transformisme
Date
:
07-07-2002
Droits
:
Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs.
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La notion d'évolution
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Végétaux : diversité, hybridation
Description
:
En 1998, le Groupe sur la Phylogénie des Angiospermes (APG) publie une étude phylogénétique des plantes à fleurs en comparant des séquences de l'ADN chloroplastique. Ces taxonomistes moléculaires ne retiennent que les groupes strictement monophylétiques (c'est-à-dire descendant tous d'un ancêtre ...
Mots clés
:
évolution, taxonomie moléculaire, plante à fleur, hybridation, diversité végétale, classification phylogénétique, botanique, coévolution, phylogénie, gène, transgène
Date
:
15-07-2002
Droits
:
Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs.
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L’informatique dans les sciences de la vie
Description
:
Dans cet exposé François Rechenmann propose un rapide survol des méthodes algorithmiques utilisées au niveau de l'analyse du génome. On y découvre que l'informatique est à la fois un outil incontournable, puisque seules des méthodes algorithmiques automatiques issus de travaux sur le traitement ...
Mots clés
:
biologie, dynamique des populations, bioinformatique, alignement de séquences, analyse statistique, système dynamique, phylogénétique, représentation des données, algorithmique, simulation, génome, évolution, région codante
Date
:
10-06-2009
Droits
:
Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs.
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L’informatique dans les sciences de la vie
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5.3. Remplir un tableau de distances
Description
:
Pour tenter de construire l'arbre phylogénétique d'un ensemble d'espèces, nous allons utiliser les données et génotypique ou des données génotypiques disponibles sur ces espèces. Plus clairement, nous allons utiliser des séquences d'un gène homologue de ces espèces. La première étape va consister ...
Mots clés
:
génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation, arbre phylogénétique
Date
:
01-06-2015
Droits
:
Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs. Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre ...
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5.3. Remplir un tableau de distances
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5.7. Les applications en microbiologie
Description
:
Une très grande diversité, on l'a vu, d'algorithmes en bio-informatique, motivé par la résolution de problèmes différents. Ces algorithmes, ces recherches en bio-informatique, s'appuient sur des domaines des mathématiques et de l'informatique. De très nombreux domaines sont ainsi impliqués. Je n'en ...
Mots clés
:
génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation, arbre phylogénétique
Date
:
01-06-2015
Droits
:
Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs. Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre ...
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5.7. Les applications en microbiologie
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