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Par mots-clef = bioinformatique

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L’informatique dans les sciences de la vie

Description : Dans cet exposé François Rechenmann propose un rapide survol des méthodes algorithmiques utilisées au niveau de l'analyse du génome. On y découvre que l'informatique est à la fois un outil incontournable, puisque seules des méthodes algorithmiques automatiques issus de travaux sur le traitement ...

Mots clés : biologie, dynamique des populations, bioinformatique, alignement de séquences, analyse statistique, système dynamique, phylogénétique, représentation des données, algorithmique, simulation, génome, évolution, région codante

Date : 10-06-2009

Droits : Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs.

L’informatique dans les sciences de la vie

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Bio-informatique et applications

Description : La séquence de caractères est un des objets que les informaticiens connaissent bien et pour lequel ils ont développé de très nombreux algorithmes. C’est donc très naturellement que l’informatique et les sciences du vivant se sont rencontrées autour de la problématique de l’analyse des séquences ...

Mots clés : bioinformatique

Date : 20-03-2015

Droits : Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs. Document libre, dans le cadre de la licence Creative Commons (http://creativecommons.org/licenses/by-nd/2.0/fr/), citation de l'auteur obligatoire et interdiction de désassembler (paternité, pas de modification)

Bio-informatique et applications

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1.1. La cellule, atome du vivant

Description : Bienvenue dans cette introduction conjointe aux notions fondamentales de génomique et d'algorithmique, autrement dit, de l'analyse informatique de l'information génétique, ce qu'on peut désigner de façon très synthétique par le terme un domaine scientifique qui est la bio informatique. Au cours ...

Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation

Date : 01-06-2015

Droits : Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs. Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre ...

1.1. La cellule, atome du vivant

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1.2. Au cœur de la cellule, la molécule d’ADN

Description : Au cœur de chaque cellule se trouve donc la molécule d'ADN, flottant directement dans le cytoplasme dans le cas des cellules procaryotes, par exemple bactériennes, ou contenue dans le noyau des cellules eucaryotes. Que sait-on actuellement de cette molécule d'ADN ? C'est un long parcours là encore ...

Mots clés : ADN, génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation

Date : 01-06-2015

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1.2. Au cœur de la cellule, la molécule d’ADN

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1.3. L’ADN code l’information génétique

Description : L'ADN, cette longue molécule, porte l'information génétique. Autrement dit, l'information qui est nécessaire à la cellule pour fonctionner et se reproduire. Regardons de plus près cette information génétique. Nous avons vu comment en lisant la séquence de nucléotides le long d'un brin de l'ADN, ...

Mots clés : ADN, génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation

Date : 01-06-2015

1.3. L’ADN code l’information génétique

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1.4. Qu’est-ce qu’un algorithme ?

Description : Les génomes peuvent donc être vus comme une longue suite de lettres écrites dans l'alphabet : A, C, G et T. Comment interpréter ces textes ? Ça va être le sujet de la bio-informatique à l'aide d'algorithmes appropriés. Qu'entend-on par algorithme ? Un algorithme peut être vu comme une suite d' ...

Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation

Date : 01-06-2015

1.4. Qu’est-ce qu’un algorithme ?

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1.5. Compter les nucléotides

Description : Notre premier algorithme vise assez simplement à compter les nucléotides d'une séquence génomique, autrement dit à compter les lettres dans une chaîne de caractères. En entrée, cette chaîne de caractères, encore une fois écrite dans cet alphabet de 4 lettres, et dont la fin est marquée par un ca ...

Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation

Date : 01-06-2015

1.5. Compter les nucléotides

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1.6. Contenu en G-C et A-T des séquences

Description : Les algorithmes qui travaillent sur les séquences génomiques, sur les textes génomiques, doivent produire des résultats interprétables et utiles aux biologistes. Nous allons voir que même sur l'algorithme très simple que nous avons construit de comptage de nucléotides, eh bien cet algorithme produit ...

Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation

Date : 01-06-2015

1.6. Contenu en G-C et A-T des séquences

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1.8. Changer l’échelle du chemin

Description : Dans la session précédente, je vous ai proposé de m'accompagner dans une balade sur l'ADN. En fait un parcours de la séquence avec un tracé de segments, dont l'orientation dépendait de la lettre courante de la séquence et on a vu que ceci nous permettait effectivement de tracer un chemin. Et nous ...

Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation

Date : 01-06-2015

1.8. Changer l’échelle du chemin

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1.7. Promenade sur l’ADN

Description : Quand les biologistes se sont trouvés confrontés au premier texte génomique, dans la deuxième moitié des années 70, ils ont été quelque peu désemparés. On peut le comprendre. Encore une fois, regardez une petite portion d'un texte de génome bactérien ici. Suite de lettres - C, G, et cetera. - pas ...

Mots clés : ADN, génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation

Date : 01-06-2015

1.7. Promenade sur l’ADN

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