63 résultats : bioinformatique

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Canal-U
3.9. Comment évaluer la qualité de prédiction des méthodes ?
Description : Nous avons vu qu'il était possible, ou du moins nous le pensions, améliorer la qualité de prédiction des gènes sur un génome bactérien en introduisant des démarches supplémentaires, de recherches de sites de RBS par exemple, ou d'avoir recours à des approches probabilistes du type chaînes de Markov. ...
Mots clés : génomique, algorithmique, codon, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation
Date : 01-06-2015
Droits : Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs. Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusés sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre ...
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3.9. Comment évaluer la qualité de prédiction des méthodes ?
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Canal-U
3.10. La prédiction de gènes dans les génomes eucaryotes
Description : Si nous disposons actuellement de prédicteurs de gènes dans les génomes procaryotes de très bonne efficacité, avec des prédictions relativement fiables, c'est en fait loin d'être le cas sur les génomes eucaryotes. Pour quelles raisons ? La première raison, c'est qu'il existe dans les génomes eu ...
Mots clés : ADN, génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation
Date : 01-06-2015
Droits : Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs. Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre ...
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3.10. La prédiction de gènes dans les génomes eucaryotes
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Canal-U
4.1. Comment prédire les fonctions des gènes/protéines ?
Description : Après avoir regardé dans les yeux, les semaines précédentes, l'ADN, vu comment cet ADN par séquençage produisait des textes, des séquences génomiques, étudié la relation entre gènes et protéines, gènes portant l'information qui est utilisée par la cellule pour produire une ou plusieurs protéines, ...
Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation
Date : 01-06-2015
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4.1. Comment prédire les fonctions des gènes/protéines ?
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Canal-U
4.5. Un alignement de séquences vu comme un chemin dans une grille
Description : Pour comparer deux séquences entre elles, il faut donc les aligner. Aligner ces deux séquences suppose faire des hypothèses d'insertion, délétion, aux bons endroits. Ça signifie, d'un point de vue séquence de caractères, insérer des caractères "blank", le tiret, aux endroits appropriés. Approprié ...
Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation
Date : 01-06-2015
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4.5. Un alignement de séquences vu comme un chemin dans une grille
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Canal-U
4.9. Éviter la récursivité : une version itérative
Description : La fonction récursive que nous avons obtenue est d'un code assez compact et plutôt élégant, mais effectivement peu efficace. Pourquoi ? Rappelons son fonctionnement. Cette fonction est d'abord appelée pour calculer le coût de ce nœud-là. Nécessitant le coût optimal de ce nœud, celui-ci et celui-là, ...
Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation
Date : 01-06-2015
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4.9. Éviter la récursivité : une version itérative
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Canal-U
5.3. Remplir un tableau de distances
Description : Pour tenter de construire l'arbre phylogénétique d'un ensemble d'espèces, nous allons utiliser les données et génotypique ou des données génotypiques disponibles sur ces espèces. Plus clairement, nous allons utiliser des séquences d'un gène homologue de ces espèces. La première étape va consister ...
Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation, arbre phylogénétique
Date : 01-06-2015
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Canal-U
5.7. Les applications en microbiologie
Description : Une très grande diversité, on l'a vu, d'algorithmes en bio-informatique, motivé par la résolution de problèmes différents. Ces algorithmes, ces recherches en bio-informatique, s'appuient sur des domaines des mathématiques et de l'informatique. De très nombreux domaines sont ainsi impliqués. Je n'en ...
Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation, arbre phylogénétique
Date : 01-06-2015
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Canal-U
4.2. Évolution et similarité de séquences
Description : Avant de chercher à quantifier ce qu'est la similarité de séquence, on peut se poser la question même de savoir pourquoi des séquences de génome sont similaires entre organismes. La réponse tient dans la théorie de l'évolution que l'on doit à Charles Darwin. Que dit Charles Darwin et que disent ...
Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation
Date : 01-06-2015
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4.2. Évolution et similarité de séquences
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Canal-U
4.6. Si un chemin est optimal, tous ses chemins partiels sont optimaux
Description : Nous cherchons à concevoir un algorithme capable de déterminer l'alignement optimal de 2 séquences. Et nous avons vu que ça revient à chercher un algorithme qui recherche un chemin optimal dans une grille. Chemin optimal, c'est-à-dire de coût de score minimal. Pour bâtir cet algorithme, nous allons ...
Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation
Date : 01-06-2015
Droits : Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs. Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre ...
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4.6. Si un chemin est optimal, tous ses chemins partiels sont optimaux
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Canal-U
4.10. Cet algorithme est-il efficace ?
Description : La version itérative de notre algorithme d'alignement optimal de séquences est indéniablement beaucoup plus efficace que sa version récursive, puisque nous avons vu qu'il permettait d'éviter que le coût d'un même nœud soit réévalué plusieurs fois. Mais qu'en est-il véritablement de l'efficacité ...
Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation
Date : 01-06-2015
Droits : Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs. Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusés sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre ...
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4.10. Cet algorithme est-il efficace ?
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