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5.1. L’arbre des espèces
Description
:
Dans cette cinquième et dernière partie de notre cours sur le génome et les algorithmes, qui se veut une introduction à l'analyse informatique de l'information génétique, nous regarderons de plus près la notion d'arbre phylogénétique. Plus précisément, nous verrons ce qu'est un arbre phylogénétique, ...
Mots clés
:
génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation, arbre phylogénétique
Date
:
01-06-2015
Droits
:
Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs. Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre ...
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5.1. L’arbre des espèces
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5.5. Quand les différences sont trompeuses
Description
:
Il y a plusieurs raisons pour lesquelles la méthode UPGMA, que nous venons de voir, se révèle simpliste. L'une des raisons par exemple, c'est pourquoi quand on recalcule les distances, quand on a groupé deux espèces et construit un nouveau noeud, pourquoi recalcule-t-on les distances sur la base ...
Mots clés
:
génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation, arbre phylogénétique
Date
:
01-06-2015
Droits
:
Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs. Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre ...
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4.4. L’alignement de séquences devient un problème d’optimisation
Description
:
La distance de Hamming nous donne une première possibilité de mesurer la similarité entre 2 séquences. Mais elle ne reflète pas suffisamment la réalité biologique. Qu'est-ce que j'entends par là ? On a parlé de mutations et nous avons vu qu'il y avait 3 types de mutation : les substitutions et les ...
Mots clés
:
génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation
Date
:
01-06-2015
Droits
:
Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs. Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre ...
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4.8. Un algorithme récursif
Description
:
Nous avons désormais en main tous les éléments pour écrire notre algorithme de détermination d'un alignement optimal, ici d'un chemin optimal. Avec les notations que nous avons introduites, je vous rappelle que nous savons, à priori, déterminer le coût de ce noeud-là, autrement dit le coût du chemin ...
Mots clés
:
génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation
Date
:
01-06-2015
Droits
:
Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs. Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre ...
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5.2. L’arbre, objet abstrait
Description
:
Vous l'aurez compris un arbre phylogénétique est un arbre abstrait qui n'a qu'un lointain rapport métaphorique avec un véritable arbre. L'arbre des bio-informaticiens et des informaticiens se dessinent du reste dans l'autre sens. C'est-à-dire que si on retrouve bien effectivement des branches qui ...
Mots clés
:
génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation, arbre phylogénétique
Date
:
01-06-2015
Droits
:
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5.2. L’arbre, objet abstrait
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5.6. La diversité des algorithmes informatiques
Description
:
Nous n'avons vu dans ce cours qu'un exemple extrêmement réduit d'algorithme bio informatique. Il existe en effet une très grande diversité de ces algorithmes bio informatiques qui sont motivés par l'existence d'un très grand nombre de classes de problèmes. Nous allons lister quelques-unes de ces ...
Mots clés
:
génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation, arbre phylogénétique
Date
:
01-06-2015
Droits
:
Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs. Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre ...
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Préparation à l'agrégation svstu
Description
:
site de la préparation à l'agrégation en sciences de la vie et de la terre
Mots clés
:
biologie, biologie cellulaire, sciences Terre, biologie des organismes
Date
:
21-04-2005
Droits
:
accessible par tous de n'importe où
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La physique à l'échelle de la cellule
Description
:
L'étude physique de phénomènes cellulaires a commencé à voir le jour il y a une quinzaine d'années grâce à l'essor considérable de la biologie cellulaire et grâce aux développements spectaculaires de la biologie moléculaire (l'ADN) et de la biochimie (les protéines). Les molécules que renferment ...
Mots clés
:
mouvement brownien, physique de la cellule, mouvement cellulaire, motilité, microtubule, filament d'actine, inertie, dynamique des fluides, viscosité, nombre de Reynolds, polymère, biologie cellulaire, division cellulaire, système biomimétique
Date
:
10-07-2005
Droits
:
Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs.
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La physique à l'échelle de la cellule
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13min - Trafic dans la cellule- Franck Perez
Description
:
Les cellules sont l'unité de base du vivant. Pour se développer, elles doivent prendre des formes particulières, adhérer, migrer, interagir et développer des fonctions spécifiques. Les routes et destinations sont nombreuses, connectées et finement régulées. Après des dizaines d'années d'études, ...
Mots clés
:
biologie cellulaire
Date
:
15-02-2012
Droits
:
Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs.
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13min - Trafic dans la cellule- Franck Perez
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