11 résultats : arbre phylogénétique

Symbiologik : jouez avec les gènes

Symbiologik : jouez avec les gènes

Description : Ce jeu vous propose d’expérimenter trois tâches parmi les plus courantes en bioinformatique : l’assemblage de fragments d’ADN, la recherche de motifs communs à plusieurs protéines, la construction d’arbres phylogénétiques.

Mots clés : jeu, ADN, recherche de motifs, arbre phylogénétique, séquençage du génome, fuscia

Date : 06-12-2005

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Évolution et phylogénie

Description : Comprendre l’évolution des organismes vivants reste un enjeu majeur de la biologie. L’étude de la transmission de l’information génétique bénéficie des apports de la théorie de l’information.

Mots clés : évolution des organismes vivants, information génétique, mutation, interdisciplinarité, arbre phylogénétique, transfert horizontal, biologie systémique, fuscia

Date : 18-02-2010

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Évolution et phylogénie

Ancêtre commun et cladogramme

Ancêtre commun et cladogramme

Description : Problème de la représentation dans un cladogramme : position des ancêtres communs et des innovations évolutives, proximité entre espèces (groupes).

Mots clés : ancêtre commun, cladogramme, arbre phylogénétique, phylogenèse, caractère dérivé, autapomorphie, synapomorphie, innovation évolutive, groupe monophylétique, clade, groupe paraphylétique

Date : 15-07-2002

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5.3. Remplir un tableau de distances

5.3. Remplir un tableau de distances

Description : Pour tenter de construire l'arbre phylogénétique d'un ensemble d'espèces, nous allons utiliser les données et génotypique ou des données génotypiques disponibles sur ces espèces. Plus clairement, nous allons utiliser des séquences d'un gène homologue de ces espèces. La première étape va consister ...

Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation, arbre phylogénétique

Date : 01-06-2015

Droits : Droits réservés à l'éditeur et aux auteurs. Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre ...

5.7. Les applications en microbiologie

5.7. Les applications en microbiologie

Description : Une très grande diversité, on l'a vu, d'algorithmes en bio-informatique, motivé par la résolution de problèmes différents. Ces algorithmes, ces recherches en bio-informatique, s'appuient sur des domaines des mathématiques et de l'informatique. De très nombreux domaines sont ainsi impliqués. Je n'en ...

Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation, arbre phylogénétique

Date : 01-06-2015

5.4. L’algorithme UPGMA

Description : L'algorithme, que nous allons étudier pour la reconstruction d'arbres phylogénétiques à partir des distances, s'appelle UPGMA. Un nom plutôt compliqué pour une méthode qui est plutôt simple. Et même, on le verra trop simple. UPGMA signifie Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean. Nous ...

Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation, arbre phylogénétique

Date : 01-06-2015

5.4. L’algorithme UPGMA

5.1. L’arbre des espèces

Description : Dans cette cinquième et dernière partie de notre cours sur le génome et les algorithmes, qui se veut une introduction à l'analyse informatique de l'information génétique, nous regarderons de plus près la notion d'arbre phylogénétique. Plus précisément, nous verrons ce qu'est un arbre phylogénétique, ...

Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation, arbre phylogénétique

Date : 01-06-2015

5.1. L’arbre des espèces

5.5. Quand les différences sont trompeuses

5.5. Quand les différences sont trompeuses

Description : Il y a plusieurs raisons pour lesquelles la méthode UPGMA, que nous venons de voir, se révèle simpliste. L'une des raisons par exemple, c'est pourquoi quand on recalcule les distances, quand on a groupé deux espèces et construit un nouveau noeud, pourquoi recalcule-t-on les distances sur la base ...

Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation, arbre phylogénétique

Date : 01-06-2015

5.2. L’arbre, objet abstrait

5.2. L’arbre, objet abstrait

Description : Vous l'aurez compris un arbre phylogénétique est un arbre abstrait qui n'a qu'un lointain rapport métaphorique avec un véritable arbre. L'arbre des bio-informaticiens et des informaticiens se dessinent du reste dans l'autre sens. C'est-à-dire que si on retrouve bien effectivement des branches qui ...

Mots clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation, arbre phylogénétique

Date : 01-06-2015